Я вообще не люблю разделения на зоны, это съедает пространство комнаты. Если уж делить, то какими то шкафчиками с полками, но тут придется думать как, потому как одна часть комнаты окажется темной, если у вас не два окна, конечно.

Тоже считаю что не стоит делить и так небольшую комнату на зоны, это зрительно "съест" пространство.
И отдельные столы для детей тоже не надо. Лучше будет сделать один длинный стол вдоль всей стены и две отдельные тумбочки индивидуально для каждого ребенка.
по поводу двухярусной кровати...Тут стоит учесть мнение детей. Не всем детям это решение нравится. (если откровенно то мне тоже не понравилось бы).